Ο ΕΛΟΤ συγκροτείται από 8 Διευθύνσεις, 21 Τμήματα, συμπεριλαμβανομένων των 4 τμημάτων των εργαστηρίων δοκιμών και των 3 υπηρεσιακών μονάδων και γραφείων, που υπάγονται απευθείας στο Διευθύνοντα Σύμβουλο και τη Μονάδα Εσωτερικού Ελέγχου που υπάγεται στο Διοικητικό Συμβούλιο.
